Николай Петрович Пономарев родился в 1867 году. После окончания народного училища он в 1885 году был определен на должность псаломщика и стал служить в Николаевской церкви села Осинцевского Ирбитского уезда. 18 сентября 1902 года Николай Петрович был переведен в церковь в честь святителя Николая Чудотворца села Шогрышского, того же уезда, где и провел всю оставшуюся жизнь.
В августе 1916 года он был удостоен рукоположения в сан диакона и оставлен на прежнем месте — в селе Шогрышском. Советская власть установилась в Ирбитском уезде в начале февраля 1918 года. С самого начала волостные и сельские Советы стали проявлять враждебное отношение к священнослужителям, начались аресты. Тревожные вести одна за другой доходили до отца Николая: в последних числах февраля был арестован и заключен в тюрьму священник близлежащего села Белослудского Меньшиков, делались неоднократные попытки арестовать священника села Антоновского Ряпосова.
Летом 1918 года Урал оказался в районе боевых действий. В Ирбитском уезде было введено военное положение. Фронт приближался к селу Шогрышскому: в начале июля началось наступление чехов на село Егоршинское, находившееся лишь в нескольких километрах от Шогрышского. Обстановка становилась все более напряженной, в окрестностях усилился красный террор: в Егоршинском был зверски убит отец Константин Словцов, в селе Коптеловском — отец Николай Удинцев, в селе Покровском — отец Платон Горных с двумя прихожанами; священника села Сарафанного отца Флорентия Троицкого дважды арестовывали.
Страшная участь постигла и отца Николая Пономарева. 10 августа, в день Смоленской иконы Божией Матери, его отправили на станцию Егоршино на общественные работы, вскоре после чего он был убит большевиками.
В конце 1918 — начале 1919 года имя отца Николая Пономарева было включено в Список убиенных в 1918 году в Екатеринбургской епархии священно- и церковнослужителей, который был составлен с целью их поминовения во всех храмах и монастырях епархии.
В 2002 году был прославлен в Соборе новомучеников и исповедников Церкви Русской от Екатеринбургской епархии; в 2010 году – в Соборе Екатеринбургских святых.
